La consolidación de comunidades judías en lo que hoy es Portugal tuvo lugar durante la época romana (siglo II aec.-siglo V dec) en las principales ciudades del área occidental de la Península Ibérica. Existen documentos que confirman su presencia también durante el período visigodo (siglo V ), y al principio de la época musulmana (siglo VIII) ya había grandes centros de comercio judíos en las ciudades andalusíes de la costa.
En el siglo XII, Portugal se independizó de León, consolidándose como un reino propio. Entre esta época y 1481, las comunidades judías se desarrollaron sin muchos problemas e incluso algunos judíos llegaron a ocupar puestos importantes en la administración real. Las relaciones entre cristianos, musulmanes y judíos eran, en general, de respeto y cooperación. Buena prueba de ello es que hubo judíos que se trasladaron a Portugal para huir de la persecución en sus lugares de origen, muchos desde España, que sufrió una ola de violencia antijudía en 1391. Durante este período la comunidad judía prosperó y contribuyó de manera importante a la vida económica, cultural y científica del país.
Más adelante, entre 1481 y 1495, Portugal se vio azotado por la inestabilidad social, un episodio de la cual fue el asalto a la principal judería de Lisboa. A pesar de ello, en 1492 Portugal recibió a muchos judíos que huían de España (con la condición de pagar una cantidad de dinero y no permanecer en Portugal más de ocho meses). De esta época (1487) data también el primer libro impreso en Portugal: un Pentateuco del taller de Samuel Gacon de Faro. Poco después, el judío de origen español Abraham Zacuto, Astrónomo Real, publicó su Almanach Perpetuum, el primero en su género.
Hasta el siglo XV, algunos judíos ocupaban puestos de gran importancia en la vida política y económica de Portugal. Así, Isaac Abrabanel fue el tesorero del rey Alfonso V de Portugal. Muchos de ellos también tuvieron un papel muy activo dentro de la cultura portuguesa y mantuvieron su reputación de diplomados y mercaderes. En aquella época, Lisboa y Évora eran un enclave importante para las comunidades judías.
La situación cambia a partir de 1496, cuando Manuel I, al redactar su contrato de matrimonio con la hija de los Reyes Católicos de España, cede a sus exigencias y acepta expulsar a todos los judíos de su reino. Sin embargo, al darse cuenta de que la comunidad judía era muy importante para la economía portuguesa, retrasó la partida de los judíos y forzó la conversión al cristianismo del mayor número posible. Sus esfuerzos culminaron en la creación de miles de cristianos nuevos cuando multitudes de judíos que esperaban salir del país fueron bautizados a la fuerza en Lisboa. Con todo, muchos lograron partir, marcando así el inicio de la diáspora judeo-portuguesa por todo el mundo y el fin de las juderías en Portugal.
1496 también marcó el principio de la formación de pequeños grupos de criptojudíos en el interior del país. Éstos eran cristianos nuevos que seguían los ritos cristianos en público, pero mantenían algunas prácticas religiosas y culturales judías en la intimidad de sus hogares. En muchos casos huyeron a las zonas montañosas del país, casi inaccesibles a las grandes comisiones de la Inquisición. Sin embargo, algunos fueron descubiertos, yendo los castigos desde la abjuración pública de sus supuestos pecados hasta la obligación de llevar un sambenito antes de ser quemados en la hoguera.
La mayoría de los judíos portugueses, miles, fueron dejando poco a poco el país para dirigirse a Ámsterdam, Tesalónica, Constantinopla (Estambul), Francia, Marruecos, Brasil, Curação y las Antillas. De todas formas, muchos judíos permanecieron en Portugal. Un número significativo se convirtió al cristianismo como una simple formalidad, aunque practicaban los ritos judíos en secreto. Estos criptojudíos se conocían como cristianos nuevos y estaban continuamente bajo la vigilancia constante de la inquisición. Algunos de ellos, si no la mayoría, acabarían por abandonar el país con el paso de los siglos para volver más tarde, cuando ya podían practicar abiertamente la fe judía. Éste fue el caso, por ejemplo, de la familia Baruch Spinoza.
Algunos judíos, aunque muy pocos, como los judíos de Belmonte, tomaron una solución diferente y más radical: decidieron practicar su fe en una comunidad secreta, aislada y muy estricta que recibe el nombre de marranos. Una parte de ellos (básicamente sólo la comunidad de Belmonte y algunas otras familias aisladas) sobreviven hoy en día practicando la endogamia y manteniendo muy poco contacto con el mundo exterior. Hace todavía poco tiempo que han restablecido el contacto con la comunidad judía internacional y que practican su religión en una sinagoga pública con un rabino formal.
La Inquisición realizó su primer Auto da fe en Portugal en 1540. Al igual que la Inquisición española, concentraba sus esfuerzos en erradicar a los convertidos de otras fes (sobre todo del judaísmo) que no se uniesen a las restrictiva ortodoxia cristiana. Tal y como ocurrió en España, los inquisidores portugueses se cebaron con los nuevos cristianos, conversos o marranos. La inquisición portuguesa extendió sus operaciones desde Portugal a todo el Imperio portugués, incluyendo Brasil, Cabo Verde y Goa. Según Henry Charles Learef,1 entre 1540 y 1794, los tribunales de Lisboa, Porto, Coímbra y Évora quemaron a 1175 personas, se quemaron las representaciones de otras 633 y 29 590 tuvieron que hacer penitencia. Sin embargo, la documentación de, por lo menos, quince Autos da fe de entre 1580 y 1640 (el período en el que Portugal estuvo bajo la Casa de Austria) desaparecieron, por lo que los números reales pueden ser aún mayores.
Hubo que esperar hasta el siglo XVIII para que el poder de la Inquisición fuera restringido por el Marqués de Pombal, primer ministro del Rey José I (1750-1777). De hecho, el último auto-da fé, donde se condenaron a judíos que profesaban su religión, tuvo lugar en 1765, si bien la Inquisición no fue abolida formalmente hasta 1821.
En el siglo XIX, algunas familias afluentes de origen judío-sefardí, provenientes sobre todo de Marruecos, volvieron a Portugal (como los Ruah y los Bensaude)
Justo con el comienzo del nuevo siglo, a partir de 1800, se volvió a readmitir a la comunidad judía en el país. En 1804 se permitieron las primeras lápidas judías en el cementerio inglés de Lisboa. Por fin, en 1821, se proclamó la libertad religiosa en Portugal, aunque no fue hasta 1904 cuando se construyó la primera sinagoga después de la expulsión. (Shaaré Tikvá—“Puertas de la Esperanza”—en Lisboa.) También a principios del siglo XX, el capitán del ejército Arturo Carlos Barros Basto, él mismo descendiente de conversos forzados, organizó un movimiento en el norte de Portugal para animar a los criptojudíos a volver abiertamente al judaísmo. Para ello consiguió apoyo financiero de las comunidades judías de Ámsterdam y Londres y muchos criptojudíos empezaron a practicar su religión públicamente. Así, en 1938 se inauguró la sinagoga Kadoorei Mekor Haim (“Fuente de la Vida”) en Oporto. Más tarde, en 1943, el régimen fascista y antisemita de Antonio De Oliveira Salazar expulsó a Barros Basto del ejército, y muchos judíos, asustados, volvieron a la clandestinidad.
Durante la Segunda Guerra Mundial, Portugal adoptó una política de visados bastante liberal, permitiendo la entrada de miles de refugiados judíos, y Lisboa se convirtió en base de operaciones de organizaciones judías de dentro y fuera de la Península Ibérica.
Tras la restauración de la democracia, en 1987 el presidente Mario Soares, por primera vez en la historia de Portugal, pidió perdón a las comunidades judías de origen portugués por la responsabilidad de Portugal en la Inquisición y todas las persecuciones a los judíos.
Hoy en día es difícil calcular con precisión la población judía de Portugal, si bien en el censo más reciente unas 7000 personas se identificaban como judíos. La mayoría de éstos son ortodoxos y viven en Lisboa u Oporto. También hay una pequeña comunidad en Belmonte, constituida por criptojudíos descubiertos en 1917 por un judío polaco ingeniero de minas llamado Samuel Schwartz. Retornaron oficialmente al judaísmo en los años 70, e inauguraron su sinagoga en 1996. Desde hace unos años hay un creciente movimiento entre bnei-anusim—descendientes de conversos forzados—para volver al judaísmo, y se han establecido varias comunidades Masortis (conservadoras).